Jika seseorang menderita anemia, lapisan mulut tampak lebih pucat dibandingkan dengan yang normal (berwarna pink kemerahan>). Bila anemia teratasi, warnanya akan kembali normal. Perubahan warna yang baru di dalam mulut harus diperiksa oleh dokter atau dokter gigi, karena bisa merupakan pertanda dari penyakit kelenjar adrenal atau kanker (melanoma). Daerah keputihan bisa timbul dimanapun di dalam mulut dan seringkali berasal dari sisa makanan yang dapat disingkirkan. Tetapi jika daerah tersebut tampak kasar dan menimbulkan nyeri, serta berdarah jika disentuh, mungkin merupakan suatu infeksi jamur (thrush).
Daerah keputihan dalam mulut juga bisa merupakan penebalan lapisan keratin, daerah ini disebut leukoplakia<. Keratin merupakan suatu protein yang kokoh, yang dalam keadaan normal melindungi lapisan kulit paling luar tetapi juga ditemukan dalam jumlah kecil pada lapisan mulut. Kadang keratin dapat terbentuk dalam mulut, terutama pada perokok atau pemakai tembakau sedotan.
Daerah kemerahan dalam mulut (eritroplakia) bisa terjadi jika lapisan mulut menipis dan pembuluh darah terlihat lebih jelas daripada biasanya. Daerah kemerahan maupun daerah keputihan bisa merupakan non-kanker (jinak), prekanker maupun kanker (ganas). Penderita liken planus di pipi sebelah dalam atau di pinggir lidah, juga bisa memiliki ruam kulit yang terasa gatal. Liken planus bisa menyebabkan luka terbuka yang menimbulkan nyeri. Bintik-bintik yang menyerupai butir-butir pasir yang kecil, yang dikelilingi oleh cincin kemerahan (bintik Koplik), yang timbul di pipi sebelah dalam yang berhadapan dengan gigi belakang, merupakan pertanda dari campak.
Koplik spot
Langit-langit mulut.
Perubahan warna pada langit-langit mulut bisa disebabkan oleh iritasi atau infeksi. Langit-langit mulut pada perokok yang mengisap pipa (cangklong), memiliki permukaan kasar yang berwarna putih disertai bintik-bintik merah (langit-langit perokok). Setelah seseorang melakukan oral sex (hubungan seksual melalui mulut) dengan mitra seksual pria, akan timbul bintik merah kecil sebesar ujung peniti yang berasal dari pecahnya pembuluh darah (peteki) di langit-langit mulut. Bintik-bintik ini akan menghilang dalam beberapa hari. Peteki juga merupakan pertanda dari kelainan darah atau mononukleosis infeksiosa. Pertumbuhan berlebih yang berwarna merah di langit-langit mulut paling sering disebabkan oleh gigi palsu yang tidak cocok atau gigi palsu yang terlalu lama tertanam dalam mulut. Biasanya semua peralatan gigi yang bisa dibongkar-pasang, harus dilepaskan pada saat tidur, dibersihkan dan direndam dalam secangkir air. Pada penderita AIDS, bercak keunguan yang disebabkan oleh sarkoma Kaposi bisa timbul di langit-langit mulut.