Hingga kini penyebab dari sariawan ini belum dipastikan, tetapi ada factor-faktor yang diduga kuat menjadi pemicu atau pencetusnya. Beberapa diantaranya:
1. Trauma pada jaringan lunak mulut (selain gigi), missal tergigit, atau ada gigi yang posisinya diluar lengkung rahang yang normal sehingga menyebabkan jaringan lunak selalu tergesek/tergigit pada saat makan/mengunyah.
2. Kekurangan nutrisi, terutama vitamin B12, asam folat, dan zat besi.
3. Stress
4. Gangguan hormonal, seperti pada saat wanita akan memasuki masa menstruasi dimana terjadi perubahan hormonal sehingga lebih rentan terhadap iritasi.
5. Gangguan autoimun/kekebalan tubuh, pada beberapa kasus penderita memiliki respons imun yang abnormal terhadap jaringan mukosanya sendiri.
6. Penggunaan gigi tiruan yang tidak pas atau ada bagian dari gigi tiruan yang mengiritasi jaringan lunak.
7. Pada beberapa orang, sariawan dapat disebabkan karena hipersensitivitas terhadap rangsangan antigenic tertentu terutama makanan.
Ada juga teori yang menyebutkan bahwa penyebab utama Stomatitis aphtous Reccurent adalah keturunan. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa anak-anak yang orang tuanya menderita Stomatitis aphtous Reccurent lebih rentan untuk mengalami Stomatitis aphtous Reccurent juga.