Organisme kemaluan seperti virus herpes simpleks tipe 2, Neisseria gonorrhoeae dan Chlamydia trachomatis dapat menyebabkan faringitis dengan cara penularan dari kontak langsung dengan sekresi atau lesi genital dan oral yang terinfeksi.
Stomatitis herpetika (tipe II) paling sering terjadi sesudah dimulainya aktifitas seksual, biasanya pada orang-orang antara usia 15 dan 35 tahun.
Laporan-laporan terbatas menunjukkan bahwa infeksi HSV-2 primer mengakibatkan faringotonsilitis dan demam yang mencolok, sedangkan peradangan gusi tampak kurang parah dari pada infeksi primer HSV-1.
Vesikel-vesikel kecil multipel biasanya tampak jelas pada tahap dini; vesikel tersebut pecah dan membentuk ulkus-ulkus yang sembuh dalam 10 sampai 21 hari.
Faringitis gonokokus dapat mengakibatkan eritematosus difus pada leher, pustula-pustula kecil didaerah tonsil atau bercak eritematosus dan edema pada tenggorokan, daerah tonsil dan uvula.
Rasa terbakar adalah gejala awal, yang diikuti oleh meningkatnya kekentalan saliva dan halitosis. Manifestasi oral lainnya meliputi: sakit, ulserasi mukosa mulut; gusi merah padam dan nyeri dengan atau tanpa nekrosis papilla interdental; ulserasi lidah; glosodinia.
Obat-obat penisilin G, tetrasiklin dan ceftriaxone telah dipakai dengan efektif untuk merawat kondisi ini. C. trachomatis juga dapat menyebabkan tenggorokan “bengkak” dan sakit, faringitis ringan dan radang tonsil dengan pembentukan pustule. Perawatan pilihan adalah tetrasiklin.